Bactéries à foison sur les fruits et légumes

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Bactéries à foison sur les fruits et légumes

Publié le 27/03/2013


La flore bactérienne est abondante et variée sur tous les fruits et légumes.

Les microbes ne sont pas les mêmes à la surface des produits de l'agriculture bio et conventionnelle.

Depuis bientôt une dizaine d'années, le séquençage de l'ADN à haut débit permet de détecter et de quantifier les bactéries de manière extrêmement rapide et exhaustive. On sait maintenant qu'il y en a absolument partout sur la planète: dans l'eau de mer, dans les roches en profondeur, dans le sable, dans les nuages, dans les murs des maisons, sur la peau, dans la bouche, dans l'intestin, etc. Absolument partout.

Deux chercheurs de l'université du Colorado à Boulder (États-Unis) se sont intéressés aux bactéries présentes à la surface des fruits et des légumes mangés crus (Plos One, en ligne le 27 mars). Premier constat: là aussi, la flore bactérienne est abondante et variée. Vingt-six groupes bactériens différents sont présents sur tous les produits. Mais on ne trouve pas les mêmes concentrations sur les tomates, le raisin, les pommes, les fraises, la laitue, les épinards, les graines germées de haricot ou de luzerne, et même les champignons

Deuxième constat: les chercheurs ont eu la surprise de trouver des variations en fonction du type de culture. Les produits de l'agriculture bio ont moins d'entérobactéries (des bactéries fécales présentes chez les ruminants et plus spécialement chez les bovins) que ceux de l'agriculture conventionnelle. Pourquoi? Jonathan Leff et Noah Fierer n'avancent encore aucune explication. Seules des études spécifiques pourraient déterminer à quoi est due cette différence, soulignent les chercheurs.

Les bactéries des plantes alimentaires sont inoffensives

«Pris ensemble, nos résultats montrent que les humains ingèrent des bactéries différentes en fonction des types de produits frais qu'ils consomment et ces différences varient aussi entre les produits de l'agriculture bio et conventionnelle», concluent les chercheurs.

Les bactéries des plantes alimentaires sont inoffensives, ce qui n'est pas toujours le cas de celles présentes dans la viande (bœuf, poulet, etc.). «La flore bactérienne habituelle n'est pas pathogène. Cela peut arriver exceptionnellement mais, dans ce cas, elles ne proviennent pas de la niche écologique de la plante. Même si elles s'y trouvent, elles ont tendance à disparaître», précise Christophe Nguyen The, directeur de l'Unité sécurité et qualité des produits d'origine végétale (Inra Avignon).

La contamination des légumes frais ou des fruits par des bactéries pathogènes a donc toujours une origine extérieure. Elle peut intervenir lors du conditionnement ou de la conservation. Pour éviter tout risque de mettre sur le marché des produits contaminés, des autocontrôles sont d'ailleurs régulièrement menés. La contamination peut aussi avoir lieu à la maison. «Quand on découpe de la viande contaminée par des salmonelles, on peut les transférer sur une salade si on ne nettoie pas son couteau», indique Christophe Nguyen The.

L'origine d'une contamination n'est pas toujours facile à déterminer. Ainsi on ne sait pas encore comment, en 2011, des graines germées de haricot bio d'Égypte ont été souillées par une souche mutante d'Escherichia coli. «L'entérobactérie, hybride entre une souche bovine et humaine, venait peut-être de l'eau du Nil», avance le chercheur de l'Inra. L'incident avait fait 43 morts en Europe.