Pourquoi faut-il prendre soin de notre flore intestinale ?

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Pourquoi faut-il prendre soin de notre flore intestinale ?

Publié le 28/09/2012


Cent mille milliards de bactéries peuplent le côlon, classées en 10 000 espèces différentes.

AVIS D'EXPERT - La réponse du Pr Pierre Bourlioux, membre de l'Académie nationale de pharmacie.

Notre côlon est un écosystème microbien complexe appelé «microbiote». Il est peuplé de cent mille milliards de bactéries, soit dix fois plus que le nombre de nos cellules. Grâce aux progrès scientifiques du séquençage des génomes, des programmes de recherches menés en Europe (MetaHit) et aux États-Unis (Human microbiome project) ont permis de séquencer la totalité des gènes microbiens de notre microbiote (métagénome) et nous ont révélé la présence dans notre écosystème microbien digestif de plus de 10.000 espèces différentes que l'on peut séparer en deux catégories: celles que l'on retrouve chez tous les individus, à la base de notre microbiote, et celles qui nous sont spécifiques et nous différencient les uns des autres. En outre, ces bactéries portent 150 fois plus de gènes que nos cellules, ce qui leur confère de nombreuses fonctions, la première d'entre elles ayant trait à la digestion des nutriments non absorbés par l'organisme au niveau de l'intestin grêle. Les autres fonctions portent sur la coopération de ce microbiote avec la muqueuse intestinale afin de maintenir l'homéostasie et de protéger l'hôte contre les envahisseurs pathogènes et les maladies qui leur sont associées.

Avant toute chose, il faut savoir que le microbiote n'est pas inné, on ne naît pas avec. C'est au cours des premières années de la vie qu'on constitue progressivement et sélectivement sa population bactérienne par contact direct à partir des bactéries présentes dans l'environnement. On peut dire qu'entre 2 et 3 ans, chacun de nous a un microbiote «adulte», qui va évoluer tout au long de sa vie, se renouveler et se fragiliser avec l'âge.

C'est le microbiote qui permet à notre système immunitaire de se développer et donc de nous protéger, contrairement à ce que l'on observe chez les animaux axéniques (sans germes): les bactéries dites «commensales», présentes en permanence dans notre écosystème digestif, l'éduquent dès la naissance afin qu'il reconnaisse ce qu'il doit rejeter ou protéger. Ainsi, on sait que l'écosystème digestif ne doit pas être hyperprotégé des bactéries de l'environnement ni trop soumis à des traitements antibiotiques sous peine de voir apparaître plus tard des allergies ou de l'asthme.

Par ailleurs, il faut savoir que notre système immunitaire digestif possède 70 % des cellules du système immunitaire de l'organisme, ce qui apparaît normal si on se souvient que c'est la première barrière de défense de l'organisme face à la porte d'entrée potentielle des agents pathogènes. Notre microbiote joue donc un rôle de barrière antimicrobienne en empêchant l'implantation de bactéries dangereuses. Pour distinguer les bactéries pathogènes, qui apportent le danger de l'extérieur, les cellules de l'organisme disposent de récepteurs membranaires (parmi lesquels des «Toll receptors» dont la découverte est due à Jules Hoffmann, dernier Prix Nobel de médecine) qui, s'ils sont stimulés, vont être à l'origine d'une réaction inflammatoire, première défense de l'hôte face à l'infection.

Régulateurs clés

Le microbiote se trouve aussi au cœur de certaines pathologies. Bien que son fonctionnement reste encore en partie mystérieux, il semble qu'il suffise d'un déséquilibre de ce microbiote pour expliquer certaines maladies inflammatoires (dont la maladie de Crohn), le syndrome du côlon irritable, les troubles fonctionnels intestinaux… Par ailleurs, le dialogue métabolique entre le microbiote et l'hôte apparaît de plus en plus évident dans l'apparition d'autres pathologies comme l'obésité, le syndrome métabolique ou les pathologies cardiovasculaires.

Enfin, le dialogue microbiote-système nerveux est en pleine évolution. Le système nerveux entérique localisé à l'intérieur du tube digestif est le second plus large système nerveux de l'organisme après le cerveau. Et ses constituants sont les régulateurs clés des fonctions intestinales. Ce sont ainsi des interactions entre tube digestif et cerveau qui régulent les fonctions intestinales et expliquent l'apparition de certains phénomènes comme les nausées, la satiété ou les douleurs abdominales, mais on ne sait que depuis peu que le microbiote est impliqué dans ces interactions. Plusieurs pistes sont actuellement en cours d'étude. Par exemple dans certaines formes d'autisme ou dans des pathologies neuro-dégénératives comme les maladies d'Alzheimer et de Huntington où des modifications du microbiote intestinal ont été également observées.

L'alimentation est la première alliée de notre microbiote. On sait que certaines bactéries présentes naturellement dans les yaourts et autres laits fermentés ont des effets positifs sur notre santé. Ces bactéries vivantes sont appelées probiotiques et reconnues pour leurs effets bénéfiques par l'OMS. Mais, si la plupart des souches de probiotiques sont des lactobacilles et des bifidobactéries, qui pourraient ponctuellement nous aider à combattre certains troubles digestifs et à renforcer l'interaction du microbiote avec le système immunitaire, toutes les souches n'ont pas cette propriété et il faut se méfier de certaines assertions publicitaires abusives…

Bonnes bactéries, bonne santé, de Gérard Corthier, Éditions QUAE (Inra)